Для начала уточните, что понимается под "отдаются в ISO-8859-1".
FF определяет кодировку как ISO-8859-1, при ручной смене кодовой
страницы - русский текст становится читабельным.
В Content-Type написано charset=ISO-8859-1? Это значит что файл
был отдан не nginx'ом (а вероятно апачём за ним).
Апача нет. Данные отдает только nginx.
Сам текст на диске в utf-8, в коде есть <meta http-equiv="Content-Type"
content="text/html; charset=utf-8">
В Content-Type написано charset=utf-8, но по факту в отдаваемом
файле текст в кодировке ISO-8859-1? Посмотрите что реально лежит
в файлах на диске и укажите правильный source_charset.
