Допустим варианты с rsync не пробовал, но очень верю в том, что при миллионе файлов такое работать не будет.
Про MogileFS только читал, но есть много и нехороших отзывов на предмет п.4 указанного выше.
Я года 2 назад тоже искал возможность для синхронизаций файлов. Нашел интересные системы - fex и peerfs - это на лету. И unison - вместо rsync умеет сразу в обе стороны.
Серьезно ковырял только fex, и он мне чем-то не понравился (вроде тем, что когда кто-то редактирует файл, он становится недоступным для чтения - но может это я что-то не то делал)
