Полагаю для этого пришлось бы уже на уровне архитектуры многое переписывать, сейчас ведь понятия приоритетов практически нет. Ведь цель не ограничить скорость, а тормознуть паралельные запросы чтобы уменьшить время отклика. Если приложение это позволяет конечно, мне кажется простейшим вариантом был бы запуск второй инстанции nginx с неконфликтующим конфигом (например альтернативный порт) который бы обрабатывал исключительно PUT / DELETE и приоризация этой инстанции средствами ОС (nice, приоритет на фаерволе)
